Logiciels pour usagers sur les serveurs : Différence entre versions
m (→python) |
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[https://www.spyder-ide.org spyder (environnement de développement python)] | [https://www.spyder-ide.org spyder (environnement de développement python)] | ||
− | jupiter, notebook et "browser" sur le serveur ( | + | jupiter, notebook et "browser" sur le serveur ('''NON RECOMMANDÉ''') |
module load python3 # ou python2 | module load python3 # ou python2 | ||
module load utils/web # pour un firefox plus jeune | module load utils/web # pour un firefox plus jeune | ||
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jupyter notebook | jupyter notebook | ||
− | jupyter à distance, notebook sur le serveur mais "browser" local sur poste de travail ( | + | jupyter à distance, notebook sur le serveur mais "browser" local sur poste de travail à l'UQÀM ou ailleurs ('''RECOMMANDÉ''') |
− | # | + | # à partir de mon poste de travail a l'UQÀM (fenêtre 1) |
− | ssh | + | ssh le_serveur # snow/glacier/... |
# sur le serveur : | # sur le serveur : | ||
− | module load python2 | + | module load python3 # ou python2 |
source activate jupyter | source activate jupyter | ||
jupyter notebook --no-browser # pas de démarrage de fureteur (browser) sur le serveur | jupyter notebook --no-browser # pas de démarrage de fureteur (browser) sur le serveur | ||
− | # il me revient une ligne du genre | + | # il me revient une ligne du genre, qui va servir plus bas |
http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e | http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e | ||
− | # | + | # à partir de mon poste de travail a l'UQÀM (fenêtre 2) |
+ | |||
+ | ssh -L8891:localhost:8891 le_serveur # remplacer 8891 par le chiffre qui suit localhost dans http://..... | ||
+ | |||
+ | # à partir d'un ordinateur à l'extérieur de l'UQÀM (fenêtre 2) ( remplacer 8891 par le chiffre qui suit localhost dans http://.....) | ||
+ | ssh -L8891:localhost:8891 user@st2.sca.uqam.ca # replacer user par mon nom d'usager sur les serveurs de l'UQÀM | ||
+ | ssh -L8891:localhost:8891 le_serveur | ||
− | |||
− | # prendre un nouvel onglet dans le "browser" (firefox/chrome/...) | + | # prendre un nouvel onglet dans le "browser" local (firefox/chrome/...) |
# aller a http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e | # aller a http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e | ||
# et voila ! je travaille à distance sur le serveur comme si tout se passait sur le serveur | # et voila ! je travaille à distance sur le serveur comme si tout se passait sur le serveur |
Version depuis le 6 de février 2020 à 18:25
Matières
systèmes supportés / supported systems
snow zwack robert glacier (et beaucoup de postes de travail Linux)
setup
suggestion
touch ${HOME}/.no_admin_xtra # for a consistent environment across machines mv ${HOME}/.bashrc ${HOME}/.bashrc.old mv ${HOME}/.bash_profile ${HOME}/.bash_profile.old
.profile (base)
suggestion (bash)
type module 2>/dev/null 1>/dev/null || . /etc/profile module load setup/ECssm_002
les modules d'environnement / GNU environment modules
environment modules documentation (3.2 on servers, 4.1 on workstations)
utilitaires variés
module load utils/misc ccmake, cmake patchelf
netcdf
outils netcdf
module load utils/cdo ou module load utils/ncview ou module load utils/netcdf
python
chargement:
module load python2/miniconda2 # conda + python 2.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda2 module load python3/miniconda3 # conda + python 3.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda3
disponible avec python2
source activate jupyter # jupyter notebooks source activate mysql2 # mysql-connector source activate pynngl2 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL) source activate spyder # environnement spyder source activate soup # beautifulsoup module load development/python-rpn # interface python pour rmnlib
disponible avec python3
source activate jupyter # jupyter notebooks source activate jupyter_sql # jupyter notebooks + mysql-connector source activate spyder # environnement spyder source activate mysql3 # mysql-connector source activate ldap # ldap utilities + mysql-connector source activate pynngl3 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL) source activate magics # magics (ECMWF) source activate soup # beautifulsoup module load development/python-rpn # interface python pour rmnlib
déchargement d'un environnement
conda deactivate # sortir d'un environnement
références utiles
spyder (environnement de développement python)
jupiter, notebook et "browser" sur le serveur (NON RECOMMANDÉ)
module load python3 # ou python2 module load utils/web # pour un firefox plus jeune source activate jupyter jupyter notebook
jupyter à distance, notebook sur le serveur mais "browser" local sur poste de travail à l'UQÀM ou ailleurs (RECOMMANDÉ)
# à partir de mon poste de travail a l'UQÀM (fenêtre 1) ssh le_serveur # snow/glacier/... # sur le serveur : module load python3 # ou python2 source activate jupyter jupyter notebook --no-browser # pas de démarrage de fureteur (browser) sur le serveur # il me revient une ligne du genre, qui va servir plus bas http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e # à partir de mon poste de travail a l'UQÀM (fenêtre 2) ssh -L8891:localhost:8891 le_serveur # remplacer 8891 par le chiffre qui suit localhost dans http://..... # à partir d'un ordinateur à l'extérieur de l'UQÀM (fenêtre 2) ( remplacer 8891 par le chiffre qui suit localhost dans http://.....) ssh -L8891:localhost:8891 user@st2.sca.uqam.ca # replacer user par mon nom d'usager sur les serveurs de l'UQÀM ssh -L8891:localhost:8891 le_serveur # prendre un nouvel onglet dans le "browser" local (firefox/chrome/...) # aller a http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e # et voila ! je travaille à distance sur le serveur comme si tout se passait sur le serveur
python-rpn
- il faut charger python 2 ou python 3 avant de charger development/python-rpn (message d'erreur sinon) - en principe, python-rpn est compatible avec python 2.7 ou python 3 - il est recommandé d'activer l'environnement jupyter (ou autre) pour pouvoir utiliser python-rpn car il manque de nombreux "packages" utilisés par python-rpn dans la base python
compilateurs et OpenMPI / compilers and OpenMPI
Intel (icc/ifort), GNU (gcc/gfortran), llvm (clang/flang)
module load compiler/intel-16 # icc/ifort version 16 module load openmpi/2.1.5-intel-16.0.1 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/intel-18 # icc/ifort version 18 module load openmpi/2.1.5-intel-18.0.5 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/intel-19 # icc/ifort version 19 module load openmpi/2.1.5-intel-19.0 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/gcc-7.3 # gcc/gfortran module load openmpi/2.1.5-gcc-7.3 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/llvm6 # clang/flang version 6