Logiciels pour usagers sur les serveurs

systèmes supportés / supported systems

snow zwack robert glacier (et beaucoup de postes de travail Linux)

setup

suggestion

touch ${HOME}/.no_admin_xtra               # for a consistent environment across machines
mv ${HOME}/.bashrc ${HOME}/.bashrc.old
mv ${HOME}/.bash_profile ${HOME}/.bash_profile.old

.profile (base)

suggestion (bash)

type module 2>/dev/null 1>/dev/null || . /etc/profile
module load setup/ECssm_002

les modules d'environnement / GNU environment modules

GNU environment modules

environment modules documentation (3.2 on servers, 4.1 on workstations)

netcdf

outils netcdf

module load utils/cdo
ou
module load utils/ncview
ou
module load utils/netcdf

python

chargement:

module load python2/miniconda2            # conda + python 2.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda2
module load python3/miniconda3            # conda + python 3.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda3

disponible avec python2

source activate jupyter        # jupyter notebooks
source activate magics         # magics (ECMWF)
source activate mysql2
source activate pynngl2        # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
source activate spyder         # environnement spyder

disponible avec python3

source activate jupyter        # jupyter notebooks
source activate spyder         # environnement spyder
source activate pynngl3        # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)

déchargement d'un environnement

conda deactivate               # sortir d'un environnement

références utiles

NCAR graphics (ncl)

NCAR graphics (PyNGL)

jupyter (notebook)

module load python3    # ou python2
module load utils/web  # pour un firefox plus jeune
source activate jupyter
jupyter notebook

spyder (environnement de développement python)

compilateurs et OpenMPI / compilers and OpenMPI

Intel (icc/ifort), GNU (gcc/gfortran), llvm (clang/flang)

module load compiler/intel-16           # icc/ifort version 16
module load openmpi/2.1.5-intel-16.0.1  # + OpenMPI 2.1
module load compiler/intel-18           # icc/ifort version 18
module load openmpi/2.1.5-intel-18.0.5  # + OpenMPI 2.1
module load compiler/intel-19           # icc/ifort version 19
module load openmpi/2.1.5-intel-19.0    # + OpenMPI 2.1

module load compiler/gcc-7.3            # gcc/gfortran
module load openmpi/2.1.5-gcc-7.3       # + OpenMPI 2.1

module load compiler/llvm6              # clang/flang version 6