Concepts 3.0

NEMO/OPA

SETUP NEMO/OPA avec concepts 3.0

source s.ssmuse.dot nemo        (st/skynet/beluga/postes de travail)
source s.ssmuse.dot nemo-s      (guillimin)

s'assurer que le répertoire $HOME/data/$TRUE_HOST existe et n'est pas sur le même "filesystem" que $HOME

true_path -n $HOME
et
true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST
ne devraient pas commencer de la même manière

exemple OK:
[user]$ true_path -n $HOME
/sb/home/user
[user]$ true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST
/gs/project/abc-789/user/guillimin                                                                                    

exemple PAS OK:
[user]$ true_path -n $HOME
/sb/home/user
[user]$ true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST
/sb/home/user/data/guillimin                                                                                    


s'assurer que le repertoire $HOME/CONCEPTS_3.0.0 n'existe pas déjà

NOTES: 
 - nemo coexiste mal avec d'autres packages. 
 - ce raccourci charge tous les éléments nécessaires à la production d'un exécutable.
 - la présence d'autres éléments logiciels peut facilement entrer en conflit avec les besoins de nemo
      et créer des erreurs de toutes sortes.

install_concepts.ksh 
install_concepts.ksh  -arch

/bin/rm -rf $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK

vi $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/UTIL/fait_config   # refaire config de code, pas necessaire pour cfg standard

vi $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/util/AA_make.gdef  #params generaux de compilation selon les architectures
(en mode couple, ca prend 
#-Q- linux64  ARMN_LIB= -lrpn_comm_40510 -lrmn_013 -lmassvp4
ou l'equivalent)

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/UTIL 
fait_config CMC   # ajustement de WORK

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO
../UTIL/fait_AA_make   # aller prendre un cafe

vi $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC/scripts/BB_make.ldef    # changer seulement les clefs de compilation prendre ORCA2 comme demo

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/util 
clr_make 
ins_make -t linux64 #  (-t linux, -t aixp7) 

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0 
. linkme 

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC  # premiere compilation

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK  # nemo seulement

make clean  # (gmake sur systemes autres que linux)
make all

pour trouver l'exécutable opa:

find $HOME/data/$TRUE_HOST/ -name 'opa'

Changement de clefs define seulement ==> Refaire a partir de clr_make et ins_make

Ajout de nouvelles clefs ou nouveaux modules ==> Refaire a partir de fait_AA_make

Les nouveaux modules doivent pointer sur des repertoires source de NEMO, ne pas mettre les fichiers dans
$HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
(voir section gestion du code)

pour la configuration MPI, editer le fichier $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90

pour modifier ce fichier, on doit d'abord en obtenir une copie locale en se servant de

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
NEMO_import.ksh par_oce.F90

pour modifier tout autre fichier

cd $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
NEMO_import.ksh le_fichier.F90

avec CICE

pour utiliser cice comme modele de glace

s'assurer que le repertoire ${HOME}/CICECMC_2.2.0 n'existe pas
install_cice.ksh
cd ${HOME}/CICECMC_2.2.0/cice4.0_cmc
./clean_ice
./comp_ice.ORCA1_16_square_NEMO_UQAM
(ou toute autre configuration UQAM)
( comp_ice.CREG025_32_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_64_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_144_NEMO_UQAM )
vi $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC/scripts/BB_make.ldef
(editer les cles de maniere appropriee)
vi $HOME/CONCEPTS_3.0.0/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90
(les configs MPI doivent etre les memes pour NEMO et CICE)
refaire l'executable opa

calcul des poids d'interpolation

# un petit exemple
# fichier de sortie CREG025 , contenant la variable SSH
# fichier de sortie GEM , contenant la variable ZP
sortie_ocean=CREG025-CMC-HCST_y2008m01d05h00m00_gridT2D.std
sortie_atm=OutputReferenceGEM.fst

# poids pour interpoler de OPA a GEM (OPA non global, GEM non global)
cstintrp -fs $sortie_ocean -ns SSH -fstype custom -fr $sortie_atm -nr ZP -fd weights_nemo_to_gem.fst -fdtype rpn -naggrmax  50 -glbsrc F  -owgts T

# poids pour interpoler de GEM a OPA (OPA non global, GEM non global)
cstintrp -fs $sortie_atm -ns ZP -fstype rpn -fr $sortie_ocean -nr SSH  -fd weights_gem_to_nemo.fst -fdtype custom -naggrmax  50 -glbsrc F -owgts T