Stations de modélisation

en construction(cette page s'adresse aux installateurs)

under construction(this page is for installers)

installation type des postes de modélisation

• Système d'exploitation
  Linux, distribution Kubuntu 12.04 LTS
• partitions
  • disque no 1
    • partitions primaires
      • (1) swap (taille de la mémoire vive
      • (2)/  50GB
      • (3) /tmp 50GB (peut servir pour installation d'une autre distro)
    • partitions logiques
      • (4) /home_backup  20GB (sauvegarde des home)
      • (5) /opt 20GB
      • (6)  /usr/local 20GB
      • (7) /local (le reste du disque)
  • disque no 2
    • partitions primaires
      • (1) /home  20GB
      • (2) /data/local (le reste du disque)
• logiciel local (copié à partir des serveurs st/skynet/beluga)
  • environnement "rmnlib" (Environnement Canada)
  • compilateurs Fortran (gfortran 4.6 et Portland Group 13.6)
  • matlab

Recettes d'installation des packages

a rajouter dans /etc/hosts (serveurs de licence)

132.208.132.18 st1 st1.cluster10.local
132.208.148.10 skynet1 skynet1.cluster10.local  hn.cluster10.local

DNS

pour ajouter sca.uqam.ca a la liste de domaines a fouiller

vi /etc/resolvconf/resolv.conf.d/tail
rajouter:
search sca.uqam.ca
dans le fichier

executer:
resolvconf -u 

PBS(batch)

la recette d'installation se trouve dans le fichier
/unique/armnssm/sw/INSTALL/pbs-torque
(depuis l'installation des packages jusqu'a la configuration)

divers

cd /lib64 ; ln -s /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6
(pour éviter des protestations au lancement de matlab)

a rajouter dans /etc/fstab (environnement logiciel)

132.208.132.84:/home /unique nfs ro,noatime,nfsvers=3

recettes d'installation (..../configure) pour serveurs / postes de modélisation ( Installation binaire )

comment rebâtir gfortran

comment rebâtir mpi(openmpi)

comment rebâtir boost

pour bâtir Maestro (ordonnanceur de travaux)

 les dépôts git:
   https://github.com/racetted/maestro.git
   https://github.com/racetted/maestro-manager.git
   https://github.com/racetted/maestro-tcl.git
   https://github.com/racetted/maestro-utils.git
   https://github.com/racetted/xflow.git
 
 cd /HOME/armnssm/MAESTRO  (comme armnssm sur beluga)
 cloner les 5 dépôts (une fois)
 s'assurer que les depots sont a la bonne version (tag 1.5.0)
 git checkout -b branch_1.5.0 1.5.0  (au besoin)
 
 (cd maestro ; make clean ; make CC='cc -march=core2 -mno-sse3' )
 (cd maestro-manager ; make clean ; make )
 (cd maestro-utils ; make clean ; make )
 (cd xflow/ssm ; make clean ; make )
 (cd maestro-tcl/tcl-tk_8.5.11_multi/ssm ; make clean ; make )
 (cd maestro-tcl/tcl-tk_8.5.11_linux26-x86-64/ssm ; make clean ; make )
 find . -name *.ssm -exec scp {} web:dist/repository/. \;
 
 domaines pour maestro:
 /unique/armnssm/ECssm/ssm-domains-base/tools/[maestro-ES6|maestro-UBUNTU_12.04] (UQAM)
 /unique/armnssm/ECssm/ssm-domains-base/tools/[maestro-ES7|maestro-UBUNTU_14.04] (UQAM, liens symboliques)
 /sb/software/areas/armnssm/ssm-domains-base/tools/Maestro (guillimin)
 
 installation:
 installer les 6 packages (s.ssm-install )
 maestro_1.5.0_linux26-x86-64 maestro-manager_1.5.0_all maestro-utils_1.5.0_all tcl-tk_8.5.11_linux26-x86-64 tcl-tk_8.5.11_multi xflow_1.5.0_all
 publier les 6 packages (s.ssm-publish )
 cd tcl-tk_8.5.11_linux26-x86-64/src
 ./INSTALL.sh     (environnement aussi vanille que possible)
 republier tcl-tk_8.5.11_linux26-x86-64
 cd ../../maestro_1.5.0_linux26-x86-64/src
 make SWDEST=$(pwd -P)/.. CC='cc -march=core2 -mno-sse3' nodelogger maestro nodeinfo tictac expcatchup getdef logreader mserver madmin

pour rebâtir openblas

. s.ssmuse.dot gcc-4.6|gcc-4.8|gcc-4.9|......
make CC=gcc FC=gfortran USE_OPENMP=0 NO_AFFINITY=1 USE_THREAD=0 TARGET=CORE2 \
CFLAGS=" -march=core2 -mfpmath=sse -m64 -msse2 -mno-sse3 -mno-ssse3 " \
FFLAGS=" -march=core2 -mfpmath=sse -m64 -msse2 -mno-sse3 -mno-ssse3

après création des comptes armnssm et valin

cd ~armnssm
cat /unique/armnssm/sw/INSTALL/armnssm.tgz | tar zxf -
chown -R -h armnssm .
cd ~valin
cat /unique/armnssm/sw/INSTALL/valin.tgz | tar zxf -
chown -R -h valin .

règles de base pour le pare-feu
/unique/armnssm/sw/INSTALL/iptables
à mettre dans /etc/default

à mettre dans /etc/rc.local:
le contenu de
/unique/armnssm/sw/INSTALL/rc.local

et ne pas oublier:
chmod 755 /etc/rc.local

creer et donner au compte armnssm (plus nécessaire maintenant)
/local/data/unique
chown armnssm /local/data/unique
(ou tout autre nom approprié et ajuster /etc/rc.local