Logiciels sur les serveurs : Différence entre versions

Un article de Informaticiens département des sciences de la Terre et l'atmosphère
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m (/sca)
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**cdo
 
**cdo
 
  export PREFIX=/sca/compilers_and_tools/cdo
 
  export PREFIX=/sca/compilers_and_tools/cdo
 +
export CPPFLAGS=-I$PREFIX/include
 +
export LDFLAGS=-L$PREFIX/lib
 +
 
  szip
 
  szip
 
  aec 1.0.2+patch /sca/compilers_and_tools/sources/libaec-1.0.2.tar.gz
 
  aec 1.0.2+patch /sca/compilers_and_tools/sources/libaec-1.0.2.tar.gz
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  hdf5 1.8.21 /sca/compilers_and_tools/sources/hdf5-1.8.21.tar.bz2
 
  hdf5 1.8.21 /sca/compilers_and_tools/sources/hdf5-1.8.21.tar.bz2
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --enable-hl --disable-cxx --enable-unsupported \
 
--disable-fortran --enable-threadsafe --with-szlib=$PREFIX --with-zlib
 
 
  #./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib --enable-hl --disable-cxx --disable-fortran --enable-threadsafe --with-pthread --with-zlib
 
  #./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib --enable-hl --disable-cxx --disable-fortran --enable-threadsafe --with-pthread --with-zlib
 +
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib=$PREFIX --disable-cxx --disable-fortran --enable-threadsafe --with-pthread --with-zlib
 +
 
   
 
   
 
  netcdf
 
  netcdf

Version depuis le 13 de décembre 2018 à 00:00

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serveurs

  • CentOS 6 / RHEL 6
    • st2
    • beluga
  • CentOS 7
    • robert
    • zwack
    • snow
    • glacier

/sca

  • /sca/modulefiles (modules pour GNU modules)
  • /sca/compilers_and_tools (compilateurs et logiciels utilitaires installés avec GNU modules)
    • ifort/icc (Intel compilers)
      • 16.0.1 + openmpi-2.1.5
      • 18.0.5 + openmpi-2.1.5
      • 19.0.1 + openmpi-2.1.5
    • gfortran/gcc (GNU compilers)
      • 7.3.0 + openmpi-2.1.5
    • pgf90/pgcc (PGI compilers)
    • flang/clang
      • 6.0.1
    • netcdf
    • cdo
export PREFIX=/sca/compilers_and_tools/cdo
export CPPFLAGS=-I$PREFIX/include
export LDFLAGS=-L$PREFIX/lib

szip
aec 1.0.2+patch /sca/compilers_and_tools/sources/libaec-1.0.2.tar.gz
./configure --prefix=$PREFIX

udunits2 2.2.26 /sca/compilers_and_tools/sources/udunits-2.2.26.tar.gz
# must add #define XML_STATUS_OK    1 after #include "expat.h" in lib/xml.c
./configure --prefix=$PREFIX --with-pic=yes

export CPPFLAGS=$PREFIX/include
export LDFLAGS=$PREFIX/lib

hdf5 1.8.21 /sca/compilers_and_tools/sources/hdf5-1.8.21.tar.bz2
#./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib --enable-hl --disable-cxx --disable-fortran --enable-threadsafe --with-pthread --with-zlib
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib=$PREFIX --disable-cxx --disable-fortran --enable-threadsafe --with-pthread --with-zlib


netcdf
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib=$PREFIX --enable-netcdf-4 --enable-c-only

jasper 1.900.29 /sca/compilers_and_tools/sources/jasper-1.900.29.tar.gz
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared

grib_api 1.13.1 /sca/compilers_and_tools/sources/grib_api-1.13.1.tar.gz
./configure --prefix=$PREFIX --with-jasper=$PREFIX --disable-fortran

proj
./configure --prefix=$PREFIX --without-mutex --without-jni

cdo 1.9.5 /sca/compilers_and_tools/sources/cdo-1.9.5.tar.gz
./configure --prefix=$PREFIX --with-szlib=$PREFIX --with-netcdf=$PREFIX --with-proj=$PREFIX --with-grib_api=$PREFIX


  • /sca/armnssm (environnement logiciel pour les modèles, accès avec l'utilitaire ssm)

GNU modules

netcdf et al.