Logiciels pour usagers sur les serveurs
Matières
systèmes supportés / supported systems
snow zwack robert glacier (et beaucoup de postes de travail Linux)
setup
suggestion
touch ${HOME}/.no_admin_xtra # for a consistent environment across machines
mv ${HOME}/.bashrc ${HOME}/.bashrc.old
mv ${HOME}/.bash_profile ${HOME}/.bash_profile.old
.profile (base)
suggestion (bash)
type module 2>/dev/null 1>/dev/null || . /etc/profile module load setup/ECssm_002
les modules d'environnement / GNU environment modules
environment modules documentation (3.2 on servers, 4.1 on workstations)
netcdf
outils netcdf
module load utils/cdo ou module load utils/ncview ou module load utils/netcdf
python
chargement:
module load python2/miniconda2 # conda + python 2.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda2 module load python3/miniconda3 # conda + python 3.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda3
disponible avec python2
source activate jupyter # jupyter notebooks source activate magics # magics (ECMWF) source activate mysql2 source activate pynngl2 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL) source activate spyder # environnement spyder
disponible avec python3
source activate jupyter # jupyter notebooks source activate spyder # environnement spyder source activate pynngl3 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
déchargement d'un environnement
conda deactivate # sortir d'un environnement
références utiles
jupiter, notebook et "browser" sur le serveur (PAS RECOMMANDE)
module load python3 # ou python2 module load utils/web # pour un firefox plus jeune source activate jupyter jupyter notebook
jupyter a distance, notebook sur le serveur mais "browser" local sur mon poste de travail (RECOMMANDE)
# sur mon poste de travail (fenetre 1) ssh un_serveur # snow/glacier/... # sur le serveur : module load python2 source activate jupyter jupyter notebook --no-browser # pas de demarrage de browser sur le serveur # il me revient une ligne du genre http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e # sur mon poste de travail (fenetre 2) ssh -L8891:localhost:8891 un_serveur # remplacer 8891 par le chiffre qui suit localhost dans http://..... # prendre un nouvel onglet dans le "browser" (firefox/chrome/...) # aller a http://localhost:8891/?token=d2739f7208d5085028c71437218cee328858aac3074c7b6e # et voila ! je travaille a distance sur le serveur comme si tout etait sur le serveur
spyder (environnement de développement python)
compilateurs et OpenMPI / compilers and OpenMPI
Intel (icc/ifort), GNU (gcc/gfortran), llvm (clang/flang)
module load compiler/intel-16 # icc/ifort version 16 module load openmpi/2.1.5-intel-16.0.1 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/intel-18 # icc/ifort version 18 module load openmpi/2.1.5-intel-18.0.5 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/intel-19 # icc/ifort version 19 module load openmpi/2.1.5-intel-19.0 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/gcc-7.3 # gcc/gfortran module load openmpi/2.1.5-gcc-7.3 # + OpenMPI 2.1 module load compiler/llvm6 # clang/flang version 6
