Logiciels sur les serveurs

Un article de Informaticiens département des sciences de la Terre et l'atmosphère
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serveurs

  • CentOS 6 / RHEL 6
    • st2
    • beluga
  • CentOS 7
    • robert
    • zwack
    • snow
    • glacier

/sca

  • /sca/modulefiles (modules pour GNU modules)
  • /sca/compilers_and_tools (compilateurs et logiciels utilitaires installés avec GNU modules)
    • ifort/icc (Intel compilers)
      • 16.0.1 + openmpi-2.1.5
      • 18.0.5 + openmpi-2.1.5
      • 19.0.1 + openmpi-2.1.5
    • gfortran/gcc (GNU compilers)
      • 7.3.0 + openmpi-2.1.5
    • pgf90/pgcc (PGI compilers)
    • flang/clang
      • 6.0.1
    • netcdf
    • cdo
export PREFIX=/sca/compilers_and_tools/cdo
export CPPFLAGS=-I$PREFIX/include
export LDFLAGS=-L$PREFIX/lib

libraries for cdo as found on cdo site
/sca/compilers_and_tools/sources/libs4cdo-0.0.11.tar.xz

szip functionality
aec 1.0.2+patch /sca/compilers_and_tools/sources/libaec-1.0.2.tar.gz  (alternative 1)
./configure --prefix=$PREFIX
szip 2.1 libs4cdo-0.0.11/szip-2.1  (alternative 2)
./configure --prefix=$PREFIX --enable-production

udunits2 2.2.26 /sca/compilers_and_tools/sources/udunits-2.2.26.tar.gz
# must add #define XML_STATUS_OK    1 after #include "expat.h" in lib/xml.c
./configure --prefix=$PREFIX --with-pic=yes

export CPPFLAGS=$PREFIX/include
export LDFLAGS=$PREFIX/lib

hdf5 1.8.21 /sca/compilers_and_tools/sources/hdf5-1.8.21.tar.bz2
hdf5 1.8.15 libs4cdo-0.0.11/hdf5-1.8.15
#./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib --enable-hl --disable-cxx --disable-fortran --enable-threadsafe --with-pthread --with-zlib
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --with-szlib=$PREFIX --disable-cxx --disable-fortran --enable-threadsafe --with-pthread --with-zlib

netcdf 4.3.3.1 libs4cdo-0.0.11/netcdf-4.3.3.1
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared --enable-netcdf-4

jasper 1.900.29 /sca/compilers_and_tools/sources/jasper-1.900.29.tar.gz
jasper 1.900.1 libs4cdo-0.0.11/jasper-1.900.1
./configure --prefix=$PREFIX --enable-shared

grib_api 1.13.1 /sca/compilers_and_tools/sources/grib_api-1.13.1.tar.gz libs4cdo-0.0.11/grib_api-1.13.1
./configure --prefix=$PREFIX --with-jasper=$PREFIX --disable-fortran

proj 4.8.0 libs4cdo-0.0.11/proj-4.8.0
./configure --prefix=$PREFIX --without-mutex --without-jni

cdo 1.9.5 /sca/compilers_and_tools/sources/cdo-1.9.5.tar.gz
./configure --prefix=$PREFIX --with-szlib --with-netcdf --with-proj --with-grib_api --with-udunits2


  • /sca/armnssm (environnement logiciel pour les modèles, accès avec l'utilitaire ssm)

GNU modules

netcdf et al.