Concepts 3.0
Matières
NEMO/OPA
SETUP NEMO/OPA avec concepts 3.0 / 3.1.0 / 3.1.3
concepts 3.0
source s.ssmuse.dot nemo (guillimin/st/skynet/beluga/postes de travail)
concepts 3.1
source s.ssmuse.dot concepts-3.1 (guillimin/st/skynet/beluga/postes de travail)
concepts 3.1.3
source s.ssmuse.dot OCE/concepts-3.1.3 (guillimin)
s'assurer que le répertoire $HOME/data/$TRUE_HOST existe et n'est pas sur le même "filesystem" que $HOME
(concepts 3.1.3 utilise le compilateur Intel version 16)
true_path -n $HOME
et
true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST
ne devraient pas commencer de la même manière
exemple OK:
[user]$ true_path -n $HOME
/sb/home/user
[user]$ true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST
/gs/project/abc-789/user/guillimin
exemple PAS OK:
[user]$ true_path -n $HOME
/sb/home/user
[user]$ true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST
/sb/home/user/data/guillimin
s'assurer que le repertoire $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS} n'existe pas déjà
NOTES:
- nemo coexiste mal avec d'autres packages.
- ce raccourci charge tous les éléments nécessaires à la production d'un exécutable.
- la présence d'autres éléments logiciels peut facilement entrer en conflit avec les besoins de nemo
et créer des erreurs de toutes sortes.
install_concepts.ksh # portion qui ne dépend pas de la machine
install_concepts.ksh -arch # portion qui dépend de la machine
/bin/rm -rf $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/UTIL/fait_config # refaire config de code, pas necessaire pour cfg standard
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/util/AA_make.gdef #params generaux de compilation selon les architectures
(en mode couplé avec GEM, ca prend
#-Q- linux64 ARMN_LIB= -lrpn_comm_40510 -lrmn_015 -lmassvp4
ou l'equivalent)
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/UTIL
fait_config CMC # ajustement de WORK
#
# refaire à partir d'ici si on change la configuration ou si on ajoute de nouveaux fichiers de code
#
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO
../UTIL/fait_AA_make # aller prendre un cafe
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC/scripts/BB_make.ldef # changer seulement les clefs de compilation prendre ORCA2 comme demo
# dans le même répertoire on trouvera des échantillons de fichiers pré-configurés (ORCA025_CICE_COUPLED.ldef, ORCA1_CICE.ldef, ... ORCA2.ldef)
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/util
clr_make
ins_make -t linux64 # (-t linux, -t aixp7)
#cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}
#. linkme
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC # premiere compilation
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK # nemo seulement
make clean
make all
pour trouver l'exécutable opa récemment créé :
find $HOME/data/$TRUE_HOST/ -name 'opa'
# normalement : $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/bin/Linux_x86-64/
Changement de clefs define seulement ==> Refaire a partir de clr_make et ins_make
Ajout de nouvelles clefs ou nouveaux modules ==> Refaire a partir de fait_AA_make
Les nouveaux modules doivent pointer sur des repertoires source de NEMO, ne pas mettre les fichiers dans
$HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
(voir section gestion du code)
pour la configuration MPI, editer le fichier $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90
pour modifier ce fichier, on doit d'abord en obtenir une copie locale en se servant de
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
NEMO_import.ksh par_oce.F90
pour modifier tout autre fichier
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
NEMO_import.ksh le_fichier.F90
nouvelle architecture de compilation xxxnnn
cd $HOME/data/$TRUE_HOST/CONCEPTS_${CONCEPTS}/data_Linux_x86-64
mkdir -p \
./modipsl/lib/Linux_x86-64/xxxnnn/oce \
./modipsl/bin/Linux_x86-64/xxxnnn \
./modipsl/libcice_2.3.3/Linux_x86-64/xxxnnn \
./modipsl/libcice_2.0.1/Linux_x86-64/xxxnnn \
./modipsl/libcice_2.2.0/Linux_x86-64/xxxnnn
avec CICE
pour utiliser cice comme modele de glace
s'assurer que le repertoire ${HOME}/CICECMC_${CICECMC} n'existe pas
install_cice.ksh
cd ${HOME}/CICECMC_${CICECMC}/cice4.0_cmc
./clean_ice
./comp_ice.ORCA1_16_square_NEMO_UQAM
(ou toute autre configuration UQAM)
( comp_ice.CREG025_32_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_64_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_144_NEMO_UQAM )
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC/scripts/BB_make.ldef
(editer les cles de maniere appropriee)
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90
(les configs MPI doivent etre les memes pour NEMO et CICE)
refaire l'executable opa
calcul des poids d'interpolation (concepts 3.0)
# un petit exemple # fichier de sortie CREG025 , contenant la variable SSH # fichier de sortie GEM , contenant la variable ZP sortie_ocean=CREG025-CMC-HCST_y2008m01d05h00m00_gridT2D.std sortie_atm=OutputReferenceGEM.fst # poids pour interpoler de OPA a GEM (OPA non global, GEM non global) cstintrp -fs $sortie_ocean -ns SSH -fstype custom -fr $sortie_atm -nr ZP -fd weights_nemo_to_gem.fst -fdtype rpn -naggrmax 50 -glbsrc F -owgts T # poids pour interpoler de GEM a OPA (OPA non global, GEM non global) cstintrp -fs $sortie_atm -ns ZP -fstype rpn -fr $sortie_ocean -nr SSH -fd weights_gem_to_nemo.fst -fdtype custom -naggrmax 50 -glbsrc F -owgts T
le résultat OPA -> GEM
voir -iment weights_nemo_to_gem.fst
NOMV TV ETIQUETTE NI NJ NK (DATE-O h m s) IP1 IP2 IP3 DEET NPAS DTY G IG1 IG2 IG3 IG4
0- >> X GRDZ 470 1 1 00000000 000000 278 1298 0 0 0 E 32 E 1140 620 2704 16000
1- ^^ X GRDZ 1 290 1 00000000 000000 278 1298 0 0 0 E 32 E 1140 620 2704 16000
2- ANG P@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 32 Z 278 1298 0 0
3- ANG @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0
4- LAT P SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 32 Z 278 1298 0 0
5- LON P SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 32 Z 278 1298 0 0
6- SSH P@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 X 32 Z 278 1298 0 0
7- NAVG P@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 X 32 Z 278 1298 0 0
8- W001 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0
9- I001 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
10- J001 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
11- W002 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0
12- I002 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
13- J002 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
.......
62- W019 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0
63- I019 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
64- J019 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
65- W020 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0
66- I020 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
67- J020 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0
68- SSH @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0
69- NAVG @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0
NOMV TV ETIQUETTE NI NJ NK (DATE-O h m s) IP1 IP2 IP3 DEET NPAS DTY G IG1 IG2 IG3 IG4
70- MASK @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0
71- MAGR @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0
le résultat GEM -> OPA
voir -iment weights_gem_to_nemo.fst
NOMV TV ETIQUETTE NI NJ NK (DATE-O h m s) IP1 IP2 IP3 DEET NPAS DTY G IG1 IG2 IG3 IG4
0- >> PP NEMO-LON 528 603 1 19500101 000000 1001 1002 1003 86400 0 X 32 L 100 100 9000 0
1- ^^ PP NEMO-LAT 528 603 1 19500101 000000 1001 1002 1003 86400 0 X 32 L 100 100 9000 0
2- ANG P@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0
3- ANG @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0
4- LAT P 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0
5- LON P 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0
6- ZP C@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0
7- NAVG C@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0
8- W001 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0
9- I001 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
10- J001 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
11- W002 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0
12- I002 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
13- J002 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
14- W003 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0
15- I003 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
16- J003 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
17- W004 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0
18- I004 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
19- J004 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0
20- ZP @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0
21- NAVG @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0
22- MASK @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0
23- MAGR @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0
fonction d'interpolation
function weighted_interp(d,ni,nj,s,nis,njs,w,ij,np,nmax) result(status)
implicit none
integer, intent(IN) :: ni, nj, nmax, nis, njs
real, intent(OUT), dimension(ni,nj) :: d ! output grid
real, intent(IN), dimension(nis*njs) :: s ! input grid
real, intent(IN), dimension(ni,nj,nmax) :: w ! weights
integer, intent(IN), dimension(ni,nj,nmax) :: ij ! source index table (I and J records from file combined)
integer, intent(IN), dimension(ni,nj) :: np ! number of useful points
integer :: status
integer :: i, j, i0, in, k, maxpts
integer, parameter :: BSIZE=16
do j = 1 , nj
do i0 = 1 , ni , BSIZE
in = min(ni,i0+BSIZE)
maxpts = maxval(np(i0:in,j)) ! not used for now
d(i0:in,j) = 0.0
do k = 1 , nmax
do i = i0 , in
d(i,j) = d(i,j) + ( w(i,j,k) * s(ij(i,j,k)) ) ! weighted sum
enddo
enddo
enddo
enddo
status = 0
end function weighted_interp
lecture des coefficients du fichier
function read_interp_weights(iun,nis,w) result(status) implicit none type :: weight_set real, dimension(:,:,:), pointer :: w real, dimension(:,:), pointer :: c, s integer, dimension(:,:,:), pointer :: ij integer, dimension(:,:), pointer :: n integer :: ni, nj, nmax end type integer, intent(IN) :: iun ! weight file integer, intent(IN) :: nis ! first dimension of output grid type(weight_set),intent(OUT) :: w integer :: status real *8, dimension(:,:), allocatable :: w8 real, dimension(:,:), allocatable :: w4 integer, dimension(:,:), allocatable :: ia, ja integer :: ni, nj, nk, i integer, external :: fstinf, fstlir character(len=4) :: varname real *8 pi, piov180 real *8, parameter :: ONE=1.0 pi = acos(-ONE) piov180 = pi/180.0 status = -1 status = fstinf(iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","NAVG") ! use NAVG to get dimensions print *,"INFO: ni,nj=",ni,nj allocate( w%n(ni,nj), w8(ni,nj), w4(ni,nj), ia(ni,nj), ja(ni,nj) ) status = fstlir( w4,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","NAVG") ! number of useful points w%n = w4 + 0.5 w%nmax = maxval(w%n) print *,"INFO: w%n max=",w%nmax allocate( w%ij(ni,nj,w%nmax), w%w(ni,nj,w%nmax), w%c(ni,nj), w%s(ni,nj) ) do i = 1, w%nmax write(varname,100)'W',i status = fstlir( w8,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"",varname) ! Wnnn record w%w(:,:,i) = w8 write(varname,100)'I',i status = fstlir( ia,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"",varname) ! Innn record write(varname,100)'J',i status = fstlir( ja,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"",varname) ! Jnnn record print *,"INFO: ia/ja min,max",minval(ia),maxval(ia),minval(ja),maxval(ja) w%ij(:,:,i) = ia + (ja - 1)*nis ! I and J combined into "collapsed index" print *,"INFO: w%w min,max=",minval(w%w(:,:,i)),maxval(w%w(:,:,i)) enddo status = fstlir( w%c,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","ANG") ! rotation angles print *,"INFO: ang min,max=",minval(w%c),maxval(w%c) w%s = sin(w%c * piov180) ! transform into sine and cosine w%c = cos(w%c * piov180) print *,"INFO: cos min,max=",minval(w%c),maxval(w%c) print *,"INFO: sin min,max=",minval(w%s),maxval(w%s) w%ni = ni w%nj = nj deallocate(w8,w4,ia,ja) status = 0 100 format(A1,I3.3) end function
programme type
program demo_interp
implicit none
type :: weight_set
real, dimension(:,:,:), pointer :: w
real, dimension(:,:), pointer :: c, s
integer, dimension(:,:,:), pointer :: ij
integer, dimension(:,:), pointer :: n
integer :: ni, nj, nmax
end type
type(weight_set) :: w
interface
function read_interp_weights(iun,nis,w) result(status)
import :: weight_set
implicit none
integer, intent(IN) :: iun ! weight file
integer, intent(IN) :: nis
type(weight_set), intent(OUT) :: w
integer :: status
end function
end interface
real *4, dimension(:,:), allocatable :: sshsrc, sshdest, sshdestref
integer :: nargs
character(len=1024) :: old_file, new_file
integer :: i, status
integer :: fstdin, fstdout
integer, external :: fnom, fstouv, fstinf, fstlir, weighted_interp
integer :: ni, nj, nk, nis, njs, nks
real *8 pi, piov180
real *8, parameter :: ONE=1.0
pi = acos(-ONE)
piov180 = pi/180.0
print *,"pi=",pi,piov180
nargs = command_argument_count()
if(nargs /= 2) call print_usage
call GET_COMMAND_ARGUMENT(1,old_file)
call GET_COMMAND_ARGUMENT(2,new_file)
print *,'INFO: opening input file '//trim(old_file)
fstdin = 0
i = fnom(fstdin,trim(old_file),'STD+RND+OLD',0)
print *,'DEBUG: fstdin=',fstdin
i = fstouv(fstdin,'RND')
print *,'INFO: opening source file '//trim(new_file)
fstdout = 0
i = fnom(fstdout,trim(new_file),'STD+RND+OLD',0)
i = fstouv(fstdout,'RND')
status = fstinf(fstdout,nis,njs,nks,-1,"",-1,-1,-1,"P@","SSH")
if(status < 0) goto 777
allocate(sshsrc(nis,njs))
print *,"INFO: reading source SSH"
status = fstlir( sshsrc,fstdout,nis,njs,nks,-1,"",-1,-1,-1,"P@","SSH")
print *,"INFO: sshsrc min,max=",minval(sshsrc),maxval(sshsrc)
status = read_interp_weights(fstdin,nis,w)
ni = w%ni
nj = w%nj
allocate(sshdest(ni,nj),sshdestref(ni,nj))
status = fstlir( sshdest,fstdin,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","SSH")
print *,"INFO: sshdest min,max=",minval(sshdest),maxval(sshdest)
status = weighted_interp(sshdestref,ni,nj,sshsrc,nis,njs,w%w,w%ij,w%n,w%nmax)
call fstecr(sshdestref,sshdestref,-32,fstdin,344189600,0,0,ni,nj,1,0,0,0,'P@','SSH1','DIAGNOSTIQUE','Z',278,1298,0,0,133,.true.)
print *,"INFO: sshsrc min,max=",minval(sshsrc),maxval(sshsrc)
print *,"INFO: sshdest min,max=",minval(sshdest),maxval(sshdest)
print *,"INFO: sshdestref min,max=",minval(sshdestref),maxval(sshdestref)
sshdestref = sshdestref - sshdest
print *,"INFO: sshdestdiff min,max=",minval(sshdestref),maxval(sshdestref)
777 continue
call fstfrm(fstdin)
call fstfrm(fstdout)
stop
end program
